這是因為肛瘺是由內口、瘺管和外口三部分組成。當膿腫破潰流膿后，肛瘺的外口可能形成肉芽組織突起，或纖維化的結節或疤痕性凹陷，讓外口處于暫時封閉狀態，呈現假性愈合狀況，讓患者錯誤的認為肛瘺已經自愈。然而，這并不意味著肛瘺已自愈。

因為肛瘺的瘺管、內口依然存在，任然會發生新的感染。患者會再次出現紅腫、熱痛，甚至化膿的癥狀，從而使肛周反復感染，感染范圍還會沿括約肌間隙蔓延，病情也可由最初的簡單性肛瘺發展成復雜性肛瘺，讓治療更加棘手。如果再進一步感染其他組織，還會引發其他疾病，長期不愈的老肛瘺甚至會引發惡變。